1965년 3월 연세대학교에는 정부 부처 및 공사 기업체 등에 근무하면서 경영학 또는 경제학에 관한 연구를 계속하고자 하는 사람을 대상으로 국가 경제와 기업경영에 관한 새로운 이론과 기법을 연구·교육함으로써 국가 및 기업의 경쟁력을 강화하고 국가 경제발전에 기여하고자 경영대학원이 개원되었습니다.

개원 당시에는 경영학 석사학위와 연구과정만 개설되었으나, 경제학 이론과 응용성을 조화시킨 경제학의 연구 및 교육에 관한 사회적 관심과 욕구가 높아짐에 따라 1970년 3월에는 경제학 석사학위와 연구과정이 신설되었습니다.

또한, 1976년 3월에 기업의 최고 경영자를 대상으로 최신의 경영기법과 전략 체계를 소개하기 위한 최고경영자과정이 개설되었고, 1992년 8월에는 경제 각 부문의 최고 관리자 및 경영자에게 변화하는 경제환경에 능동적으로 대응할 수 있는 새로운 비전과 전략을 제시하기 위하여 고위경제과정이 개설되었습니다.

고위경제과정은 1997년부터 최고경제과정으로 명칭이 바뀌어 그 위상을 새롭게 하는 계기가 되었습니다. 경제학 석사 학위와 연구 과정이 현재까지(2018년2월 기준)배출한 1,700여명의 동문은 한국 경제의 발전을 위하여 각 분야에서 눈부신 활약상을 보이고 있습니다. 90년대 중반을 지나면서, 급격히 변화하는 경제 및 교육 환경에 적응하기 위해서는 경영대학원내에 경제학과 경영학의 두 프로그램을 발전적으로 분리하는 것이 타당하다는 의견이 제시되었습니다. 이는 교수들에 의하여 신중하게 검토되었으며, 급변하는 경제 현실에 효과적으로 대응하려면 실용성과더불어 상당한 정도의 전문가적 소양을 갖춘 전문 경제인을 양성할 수 있는 특화된 교육 기관의 설립이 불가피하다는 점에 의견이 일치하였습니다.

이에따라 1998년 3월 연세대학교의 설립 정신인 기독교 정신에 입각하여 이론과 응용성을 조화시킨 경제학을 과학적 방법으로 연구 ㆍ교수함으로써 지도적 인격과 창조적 능력을 갖춘 전문 경제인을 양성하고 한국 경제의 발전에 기여하기 위하여 경제대학원이 설립되었습니다. 경제대학원에는 금융공학, 금융보험, 통상산업, 공공발전, 기업경제 등의 다섯 가지 전공 분야를 갖춘 경제학 석사 학위 및 연구 과정과 최고경제인(AEP)과정이 개설되어 있습니다.